교육부는 2006년 약사의 전문성을 강화하고 기초·소양교육의 토대 위에서 학생들에게 자신의 진로를 결정할 수 있는 기회를 제공하기 위해 약대의 수업연한을 4년에서 6년으로 확대하고 그 구체적 학제로서 ‘2+4년제’를 도입한 바 있다.
그러나 약학계 및 이공계를 중심으로 약학 교육의 기초 교육과 전공 교육 간 연계성 약화, 약대 편입을 위한 이공계 학생 이탈 가속화, 과도한 사교육비 부담 등을 이유로 약대 학제를 현행 ‘2＋4년제’에서 ‘통합 6년제’로 전환해야 한다는 요구가 지속되었다.
이에 교육부는 지난해 9월 약대 학제 개편 관련 정책연구를 수행하고 정책자문위원회를 구성하여 개선 방안 마련을 위한 논의를 진행하였고 공청회와 관계부처 협의 등 충분한 검토를 거쳐 약대 학제 개편 방안을 마련하였다.
약대 학제 개편의 주요 내용은 다음과 같다.
학제 개편 적용 시기: 2022학년도부터 시행
2018년 기준 중학교 3학년에 재학 중인 학생들이 대학에 진학하는 2022학년도부터 시행한다.
전국 35개 약대 모두 통합 6년제로 전환 시 2022학년도부터 약 1700여명의 약대 신입생을 선발
이는 약대 진학을 준비 중인 학생들이 약대 입학 정보를 사전에 충분히 숙지한 상태에서 자신의 진로를 결정하고 대학입시를 준비할 수 있도록 한 배려이며 각 대학이 학제 개편의 취지에 부합하는 양질의 교육과정을 마련하고 약대 교원 추가 임용 등 교육여건을 확보하기 위한 충분한 준비기간을 부여하기 위해서이다.
약대 편제정원 증가에 따른 조치
통합 6년제로 전환하는 약대는 기존의 편입학 정원 이외에 2년의 약학 교육과정이 추가됨에 따라 편제정원이 증가하는데 이 경우 다음의 두 가지 방법으로 대학설립·운영규정 상의 교사, 교지, 교원, 수익용 기본재산 등 4대 교육 요건(이하 ‘4대 요건’) 충족을 통해 교육 여건이 악화되지 않도록 조치하여야 한다.
첫째, 약대 편제정원 증가에도 불구하고 대학 내 타학부(과) 정원 감축 등 자체 정원 조정을 하지 않는 경우에는 4대 요건 충족을 위한 조치가 필요하다.
이에 대해 교육부는 해당 대학의 4대 요건 충족여부에 대한 이행점검을 실시하며 4대 요건 미충족 시 학생 모집 정지 등 행정제재 조치를 부과한다.
둘째, 대학 전체의 편제정원이 증가하지 않도록 대학 내 타학부(과) 정원 감축 등 자체 정원 조정을 하는 경우에는 4대 요건 충족을 위한 조치가 불필요하다. 다만 이 경우에도 교원확보율을 전년도 비율 이상으로 유지하는 등의 추가 조치가 필요하다.
약사 인력의 안정적 수급 확보
통합 6년제를 도입하는 약대의 경우 학부 신입생의 졸업 시점 기준으로 일정 기간(2026년∼2027년) 약사 배출 인원의 감소로 인해 약사인력의 수급 확보에 차질이 예상됨에 따라 통합 6년제 도입 약대에 대해 한시적(2022년~2023년)으로 편입학을 병행하도록 조치하여 약학 인력의 안정적 수급을 도모한다. 
약학 교육 공공성 확보
약대 학제개편으로 약학 교육의 기능과 역할이 강화됨에 따라 약학 교육의 사회적 책무성을 확보하기 위한 공공성 제고 방안을 학제 전환의 조건으로 추진한다.
우선 수급권자·차상위계층·한부모 가족지원대상자 등 경제적 취약계층 학생을 약대 입학정원의 7% 이상 정원 외로 선발한다.
또한 지방 소재 약대의 경우 해당 지역의 고등학교 졸업자(졸업예정자 포함)를 약대 입학정원의 30%(강원·제주권은 15%) 이상 선발한다.
이는 사회적 취약계층에 대한 공정한 교육기회 확대 및 국가 균형 발전을 위한 정부의 교육 정책 기조에 맞추어 추진하는 조치이며 이와 같은 약학 교육 공공성 제고 방안은 교육부와 한국약학교육협의회 간 상호 합의를 바탕으로 추진되는 것이다.
이번에 발표한 개편 방안은 ‘2+4년제’의 부작용을 완화할 뿐 아니라 약학 교육의 전문성 강화 및 국제적 호환성 확보를 위한 약대 수업연한 확대의 취지를 고려하고 각 대학이 교육여건 등을 고려하여 자율적으로 학제를 선택·운영할 수 있는 기회를 제공하는 등 약학 교육의 경쟁력을 강화하는 차원에서 마련된 것이다.
한편 교육부는 이번에 마련한 약대 학제개편 방안의 후속조치로 고등교육법 시행령 일부개정령(안)에 대한 입법예고(2018년 4월 9일~5월 21일)를 실시했다고 밝혔다.
법령 개정이 마무리되어 학제 개편안이 확정된 후에는 각 대학별 선택 학제, 4대 요건 충족 계획 및 대학 내 정원 조정 계획, 교육과정 운영 계획, 경제적 취약계층 학생 및 지역 우수 학생 선발 계획 등 각 대학별로 제출한 후속조치 관련 운영계획서를 검토하는 등 변경된 학제가 차질 없이 적용되도록 지속적으로 점검할 계획이다.
이진석 교육부 고등교육정책실장은 “약학교육의 경쟁력 강화를 위해 약대 학제 개편안을 마련한 만큼 변경된 학제가 본격적으로 시행되기 전에 교육여건 개선 등을 위한 각 약대의 충분한 준비가 있어야만 소기의 성과를 거둘 수 있다”며 “교육부에서도 약대 학제 개편 방안에 따른 법령 개정 등 필요한 후속조치를 추진할 것”이라고 밝혔다.